İkinci mərhələ həm də Erməni vilayətinin ləğvi və yeni inzibati ərazi sisteminin təşkili ilə başlanan dövrdür. 1840-cı ildə Erməni vilayəti ləğv olunmuş, I849-cu il 19 iyun tarixli dekretlə Irəvan quberniyası, quberniya tərkibində isə mahallar əvəzinə qəzalar təşkil edilmişdir. Bu tədbirlərdə məqsəd idarəçilik üsulunu təkmilləşdirməklə yanaşı, azərbaycanlıların əksəriyyət təşkil etdiyi əraziləri ermənilər yaşayan ərazilərlə birləşdirib birincilərin təsir dairəsini azaltmaq, idarə aparatında ikincilərin nümayəndələrini yerləşdirmək, beləliklə, ərazini yavaş-yavaş erməniləşdirmək olmuşdur.
İrəvan quberniyası tərkibində aşağıda göstərilən qəzalar təşkil olunmuşdur:
1. Aleksandropol qəzası - buraya sonralar Axuryan-Artik, Ani, Qukasyan, Qugark, Spitak adlandırılmış rayonların əraziləri;
Qəzaların tərkibinin müasir rayonlarla müqayisəli şəkilda verilməsində məgsəd azərbaycanlı əhalinin o zaman bölgələrdə geniş miqyasda yerləşməsi barədə oxucuda təsəvvür yaratmaqdır.
Söhbət əsasən Sovet Ermənistanının əksər hissəsini təşkil etmiş Aleksandropol, Nor-Bayazet, Şərur-Dərələyəz, İrəvan, Eçmiadzin qəzalarında yaşamış azərbaycanlıların sayı barədə gedəcəkdir. Çünki Sürməli və Naxçıvan qəzaları, Şərur bölgələri Sovet Ermənistanının tərkibində olmamışdır.
2-ci cədvəldə 1886-cı ildən 1917-ci ilədək İrəvan quberniyasının 5 qzasında əhalinin yerləşməsi, sayı, demografık dəyişiklikləri haqqında məlumat verilir. Şəhərlərin əhalisi müvafıq qəzaların əhalisi tərkibündə göstərilmişdir.
1877-78-ci illərin rus-türk müharibəsində Rusiyamn qələbəsi, Türkiyənin bir sıra vilayətlərinin Rusiyaya birləşdirilməsi İrəvan quberniyasında, habelə Zaqafqaziyanın bir sıra bölgəsində ermənilərin yerləşdirilməsi kütləvi xarakter aldı. İrəvan quberniyasında ermənilərin xüsusi çəkisi xeyli artmağa başladı.
Bu ınüharibədə ermənilərin fəal iştirakı Rusiyanın qələbəsində mühüm rol oynadı. Ermənilər də rus goşunlarının qələbəsinə çox böyük ümid bəsləyir, belə hesab edirdilər ki, rus qoşunlarinın qələbəsi nəticəsində Türkiyə ərazisinin ermənilər yaşayan bəzi əyalətləri Rusiyanın əlinə kəçəcək, bununla da "Böyük Ermənistan" mifinin reallaşması üçün şərait yaranacaqdır.
Onlar bu məqsədə çatmaq üçün hər vəchlə rus qoşunlarına yardım edirdilər. Belə ki, Tiflisdə, Yelizavetpolda, İrəvanda, hətta Bakıda, ermənilər yaşayan bölgələrdə nümayişlər keçirilir, "türk boyunduruğu” altında guya inliyən erməniləri “azad etmək üçün" könüllülər toplayıb rus goşunlarına yardım etməyə çağırırdılar.
Cədvəldəki rəqəmlərdən göründüyü kimi, azərbaycanlıların xüsusi çəkisi yalnız Aleksandropol qəzasında azlıq təşkil etmişdir. Bunun əsas səbəbi odur ki, Rusiyanın Türkiyəyə qarşı apardığı nıüharibələr zamanı 98 kəndin azərbaycanlı əhalisi bölgəni tərk etmiş, Qars, Ərdəhan, Ərzurum bölgələrindən ermənilər gəlib bu ərazidə məskunlaşmışlar.
Hələ 1877-1878-ci illərin rus-türk müharibəsi başlamamış Zaqafqaziyanın müxtəlif bölgələrində könüllülərdən ibarət səkkiz qoşun birləşməsi təşkil olunmuşdu. Onlar müharibənin ilk günlərindən döyüşlərdə iştirak etməyə başlamışdı. Rus hərbi komandanlığı da ermənilərin yardımına böyük ümid bəsləyirdi.
Aleksandropolda (Gümrüdə) yerləşən əsas qüvvənin komandanı M.T.Loris-Melikov idi. Bu birləşmənin tərkibində ilk aylarda 27434 nəfər erməni əsgər və zabiti, 92 top qurğusu var idi. Bu goşun birləşmələri Qars, Ərzurum istiqamətində hücum əməliyyatı aparırdı. Digər qoşun birləşmıəsinin qərargahı İgdirdə idi. İrəvan bölməsi adlanan bu qoşun hissələrinin komandanı da milliyyətcə erməni olan A.A.Ter-Qukasov idi. Bölmənin tərkibində 11675 nəfər əsgər və zabit, 32 top qurğusu var idi. Bu birləşmə Bayazet, Diyarbəkir, Ərzurum istiqamətində fəaliyyət göstərirdi. 4 istiqamətdə aparılan hücum əməliyyatından ikisinin komandanlığının ermənilərə tapşırılması Çar Rusiyası hakim dairələrinin onlara bel bağlamasını göstərən əsas faktlardan biridir. Ümumiyyətlə, Qafqaz cəbhəsində Türkiyəyə qarşı müharibədə 7 general (o cümlədən, M.T.Loris-Melikov, H.D.Lazarev, A.A.Ter-Qukasov, F.K.Alxazov, B.M.Şelkovnikov), 500 nəfərdən çox erməni zabiti fəal iştirak etmişdir. Məlumdur ki, Türkiyənin müharibə gedən bölgələrində yaşayan ermənilər Rusiya ordusunun zabitlərilə əlaqəyə girib türk qoşunları arxasında təxribatlar törədir, bələdçililk edir, rus qoşunlarının irəliləməsinə yardım göstərirdilər.