Начало второго этапа ознаменовалось ликвидацией Армянской области и образованием новой административно-территориальной системы. В 1840 г Армянская область была упразднена, а декретом от 19 июня 1849г. учреждена Иреванская губерния с новыми административными единицами – уездами. За этим решеним скрывалось намерение объединить селения с превалирующей численностью азербайджанцев с армянскими населенными пунктами с тем, чтобы ослабить главенствующую позицию первых, внедрить в новообразованный управленческий аппарат больше армян и в результате усилить и расширить сферы их влияния.
В составе Иреванской губернии были образованы нижеследующие уезды:
1.Александропольский уезд. По административному делению Армянской ССР это районы Ахурян, Артик, Ани, Гукасян, Спитак.
2. Нахчиванский уезд – территория современной Нахчиванской Автономной Республики Азербайджана
3. Нор-Баязетский уезд, в который входили азербайджанские селения провинции Гырхбулаг и приозерных сел озера Гёйча (Севан). По административному делению Армянской ССР это районы Котайк (большая часть), Красносельск, Раздан, Севан, Нор-Баязет, Мартуни, Варденис
4. Сюрмалинский уезд - ныне территория современной Турции на правом берегу реки Аракс (Араз).
5. Шарур-Дерелеязский уезд. Сюда входили селения современного Садаракского района Нахчиванской АР, а также территория, которая в составе Армянской ССР была разделена на районы Ехегнадзор и Азизбеков.
6. Иреванский уезд, территория которого после 1920г. в составе Армянской ССР была разделена на районы Арташат, Арарат, частично Котайк и Масис.
7. Эчмиадзинский уезд, территория которого после 1920 г. в составе Армянской ССР была поделена на районы Эчмиадзин, частично Масис, Октемберян, Абаран, Аштарак, Талин, Арагац. Ниже приводится Таблица 2 , которая наглядно показывает сопоставительную динамику уменьшения азербайджанского и увеличения армянского населения в 5 уездах Иреванской губернии с 1886 по 1917г.г.. Сведения о Нахчиванском и Сюрмалинском уездах не включены в эту таблицу, поскольку речь идет только об уездах, введенных в состав советской Армении. Как видно из таблицы 2, удельный вес азербайджанского населения был низким только в Александропольском уезде. Причина в том, что во время военных действий России против Турции азербайджанское население 98 сел вынужденно покинули исконные места проживания. В опустошенные селения были водворены армянские переселенцы из Карса, Ардахана, Эрзурума.
После победы царской армии в русско-турецкой войне 1877-1878г.г., присоединения Карсской области Турции к России началась вторая волна массового заселения армянами сел Иреванской губернии и других закавказских регионов. Именно с того времени начал расти удельный вес армянского населения в Иреванской губернии. Следует отметить, что изворотливые и вероломные армяне приложили немало усилий для поддержания царской армии. Так, в Тифлисе, Иревани, Елизаветполе, даже в Баку в армянонаселенных районах организовывались демонстрации. Под эгидой «освобождения обездоленных армян от турецкого ига» формировались добровольческие отряды для русских войск. Русское командование в свою очередь возлагало большие надежды на армянские формирования. Еще до начала русско-турецкой войны в различных областях Закавказья были сформированы 8 войсковых соединений, которые проявили боевую готовность с первых дней войны. Это делалось с расчетом на то, что армянонаселенные области Турции отойдут России, вследствие чего воссоединятся так называемые Западная и Восточная Армения и реализуется их мифическая мечта о государстве «Великая Армения». Таким образом, агрессивная националистическая клика намеревалась ловко использовать в своих интересах Российскую империю. Командующим основных сил, расположенных в Александрополе (Гюмри), был армянин М. Т. Лорис-Меликов. В первые месяцы войны в составе этих соединений находились 27434 солдат и офицеров, было 92 артиллерийские установки. Эти войсковые соединения вели наступательные операции в направлении Карса и Эрзурума. Штаб квартира другого войскового соединения была расположена в Игдыре. В его состав входило иреванское подразделение под командованием армянина А. Тер-Гукасова. В этой части служили 11675 солдат и офицеров, в распоряжении которых были 32 артиллерийские установки. Это соединение проводило боевые операции в направлении Баязета, Диярбекира, Эрзурума. Как видим, командующими двух из четырех ключевых боевых подразделений были армяне, что красноречиво свидетельствует о высоком доверии военного руководства царской России своим единоверцам. В целом в войне против Турции на кавказском фронте сражались 7 генералов ( среди них М.Лорис-Меликов, Х.Лазарев, А.Тер-Гукасов, Ф.Алхазов, Б.Шелковников) и более 500 офицеров армянской национальности. Общеизвестно, что армянское население турецких провинций, войдя в сговор с армянскими офицерами царской армии, совершали диверсии против турецких войск и всячески помогали беспрепятственному прохождению русских войск по незнакомым местностям.
Приведенные в Таблице 2 цифры проливают свет на ситуацию в российско-армянских отношениях, сложившуюся благодаря вековым дипломатическим играм армян и cтремлению царской России объединить армянский народ под своей сенью и тем самым создать христианскую буферную зону в Закавказье. При этом вопиющим фактом является то, что интересы веками живших на этой земле азербайджанцев совершенно игнорировались. Таким образом,
После 1897г., в связи с массовым истреблением азербайджанцев в 1905-1908г.г.- пошли на убыль показатели по естественному приросту и удельному весу азербайджанского населения. Избежавшие гибели спаслись бегством, покинули родные очаги, смертность населения стала превышать рождаемость. С 1905 по 1916г.г. прирост составил 107,5%, а среднегодовой прирост – всего 0,7%. В то время как за период 1886-1897г.г. абсолютный прирост азербайджанского населения был 40 тыс. чел., то за 1905-1916г.г. – всего 17 тыс. чел. При этом следует принять во внимание, что в 1905г численность азербайджанцев была на 61 тыс. чел. больше, чем в 1886г! Что касается армян, то абсолютный прирост населения в период с 1905 по 1916г.г. достиг 139 тыс. чел., или 132,1%.